ある時KVMを使いメインになるホストを設定している時にバックアップを取っておきたかったのでDDコマンドで複製をした。
その後、tripwireやアンチウィルスなどのソフトをインストールし、何度か再起動をした。変更をする度にDDコマンドでバックアップを取っておいた（Live CDで起動しコピー）。そして再起動すると、最初の状態（何のソフトもインストールされていない状態。つまり最初の状態）になってしまった。
原因はDDコマンドではUUIDもコピーされ同じUUIDが二つ出来てしまったから
/etc/fstab には例によってルートの指定はUUIDでしているので、多分2回目の再起動時に指定されたディスク領域は最初の分と変化し（最初は /dev/sda1 バックアップは /dev/sda2 のつもりだった）sda2を使っていたものと思われる。なのでソフトを入れた分は sda2 でも自分では sda1 だと思っていた。なので dd if=/dev/sda1 of=/dev/sda2 とするとデフォルト状態のsda1がソフトを追加したsda2に書き込まれ、今までの作業が水の泡！！
考えて見れば dd コマンドでUUIDを同じにするのは当たり前で、だからディスクを入れ替えても同じように起動するのだ！
でも気がつかなかった俺が悪い。教訓：dd でコピーし両方を使いたい時は
# tune2fs -U random /dev/sda2
としUUIDを変更すること（sda2は自分の環境に合わせて）
その後
# blkid
で確認するとUUIDが変更されている